Вариант добавлять твой <input type="text"/> в <div runat="server" id="divTextBoxes">...</div>
На сервере делай типа так:
foreach (Control control in divTextBoxes.Controls)
{
LiteralControl literalControl = control as LiteralControl;
if ((literalControl != null) &&
(literalControl.Text.Trim() != String.Empty))
{
// обрабатывай строку literalControl.Text. Можно регэкспом или String.IndexOf
}
}