Думаю, стоит дальше гуглить ;)
Задача распространенная, решения должны быть описанны как и советы.
В целом MS SQL Express должен иметь ограничение на размер базы, прийдется не Express версию использовать.
По поводу загибания файловой системы - ту тя не спец, но разве производительность ФС зависит от сбалансированности дерева её объектов?
Наверное стоит посоветовать microsoft папку system32 разбить на подпапки ...

Может стоит посмотреть в сторону кластерных решений или виртуальной файловой системы ?
Думаю, корректнее когда не приходится беспокоится о структуре хранения файла в иерархиипапок - эта задача более низкого уровня, её и должна решать ОС и ФС.
ПС: проблемы 1, 3 не сильно и проблемы. Решаются очень просто - прямыми руками

а 2 - вообще не проблема, а в большинстве систем приемущество.
Лучше побыть дураком 5 минут, чем остаться им на всю жизнь ...