для начала запускаем Visual Studio, выбираем новый проект -> выбираем язык программирования, далее Smart Device, далее выбираем девайс, под который хотим программить, и выбираем тип (Class Library, Device Application etc) и...
ЗЫ. Эх, все хочу начать программить под свой PocketPC, но никак руки не дойдут, нет ни времени, ни подобных заказов :)